Al ser un juego de mundo abierto, Prototype 2 ofrece distintas misiones y actividades que se entretejen con la historia principal de manera suplementaria. Entre las actividades opcionales se encuentran recopilar datos de personas importantes de Blackwatch y Gentek, localizarlas y absorberlas para llevar a cabo distintos objetivos. Para llevar a cabo estas misiones el jugador deberá localizar a sus blancos dentro de la ciudad utilizando una especie de radar. Lo interesante es que una vez terminadas las misiones, Heller recibirá una nueva mutación que incrementará sus poderes. De igual manera, encontrar sets de objetos coleccionables, destruir madrigueras y equipos de ataque le otorgarán nuevas mutaciones, por lo que dejar de lado la historia puede resultar benéfico en ocasiones.

Los enemigos ofrecen poca variedad. Del lado de los mutantes tenemos a los genéricos, gente infectada que no presenta un peligro real mientras su número no aumente repentinamente; los brawlers, una especie de perros diabólicos y brutales cuyas garras pueden ser asimiladas por Heller; los juggernaut, quienes le otorgan la habilidad de convertir sus brazos en escudos y en martillos al ser consumidos; flyers, una especie de pájaro infectado que ataca en parvadas; y el monstruo llamado goliath, una abominación gigante creada por Mercer para sembrar el pánico en el lugar. Heller también tendrá que enfrentar a los soldados de Blackwatch y a los demás evolucionados creados por Mercer, quienes traerán consigo diversas mejoras generales, como mayor destreza con armas de fuego y cosas por el estilo.

El aspecto gráfico del juego ha mejorado notablemente, sin embargo, no podemos decir que sea su punto fuerte. La dirección de arte es muy buena y resalta mucho más durante los cinemas que plagan la historia; en ellos podemos apreciar un mundo en blanco y negro donde solamente los infectados evolucionados cuentan con detalles en color rojo, denotando quizá su potencial letal o la sangre que han derramado y absorbido de incontables víctimas. En cuanto a los modelos de los personajes y de la ciudad, aparentemente Nueva York sólo pudo repoblarse tras el primer brote del virus mediante la clonación masiva de 15 o 20 sobrevivientes que, además, se sostienen con una dieta basada en cortes finos y sushi.

Un detalle interesante es que Prototype 2 te permite elegir la manera de jugar y completar tus objetivos. Esto va desde decidir si quieres llegar como una verdadera fuerza de la naturaleza, haciendo llover pedazos de enemigos y sangre, o si tratas de utilizar tus poderes para tomar la apariencia de tus enemigos y escabullirte entre ellos sin que lo noten, aunque también puedes utilizar su propio armamento en su contra, desatar tus distintas habilidades o abordar algún vehículo para acabar con ellos.

A pesar de que la fórmula de este título la hemos visto repetida en otras ocasiones, Prototype 2 logra mantenerte pegado al control durante horas y horas de juego y consigue no solamente convencerte de participar en un baño de sangre de proporciones épicas sino que realmente logra que esa mecánica de apalear y absorber a tus enemigos sea disfrutable, especialmente cuando te encuentras con que tus garras se han vuelto más filosas y peligrosas al ingerir a ese último brawler. Y sí, lo diré abiertamente, Prototype 2 es un divertido, tan divertido como destruir una cuadra entera con tus propias manos (de martillo) o robar un helicóptero y desatar la furia de sus cohetes sobre un Central Park atestado de mutantes asesinos.