En el nuevo RPG que protagonizarán Mario y Luigi, éstos serán absorbidos por el insaciable Bowser. Tanto él como los hermanos tomarán un gran protagonistas en la tercera parte de esta saga de RPGs para portátiles. El juego estará dividido en dos partes: la situación de Mario y Luigi en el interior de Bowser, donde nos moveremos en un plano 2D; y la situación del archienemigo de Mario que se moverá por el mundo en un plano 3D.