SEGA admitió que, a pesar de tener un concepto brillante, Alpha Protocol no contará con una secuela debido a lo bajo de sus ventas. El jefe de SEGA en Estados Unidos habló con CVG al respecto:

"Hablemos de manera comercial; el juego no ha vendido lo que esperábamos, por lo tanto no haremos una secuela. El concepto es brillante. Conocen esto de Metacritic donde tienes que obtener una calificación cerca de los 80 puntos, bueno, con los RPG debes tener más de 80.

Tenemos un buen título, pero no creo que sea un juego que tenga lo suficiente para llegar a esa calificación, creo que ese fue el problema. La cantidad que se tiene que invertir para llegar ahí es mucha, porque este tipo de juegos son proyectos muy grandes. Hemos decidido que no habrá una secuela."

Es una lástima que una franquicia que parecía tan prometedora haya llegado a su fin tan rápido, y declaraciones como esta sólo harán que más personas se mantengan alejadas de ella.