Debido a la decepción que los fans se llevaron con Zone of the Ender HD Collection, Hideo Kojima tomó la difícil decisión de cancelar el nuevo proyecto de la serie.

El creador de Metal Gear confirmó que el equipo que desarrollaría la secuela de Zone of the Enders: The 2nd Runner fue desintegrado y las ideas que tenían hasta el momento fueron desechadas. Cabe señalar que dicho proyecto fue anunciado en mayo del año pasado.

En cuanto al problema del compendio en alta definición, resulta que sus involuntarios cambios de 30fps a 60fps hacían ineficientes y toscos los combates que mostraban los títulos originales, lo que trajo como consecuencia que los fans tuvieran una mala experiencia y sus expectativas por el título se desplomaran. Kojima dijo que trabajan en un parche para la versión en PlayStation 3, sin aclarar si harán otro para su similar en la consola de Microsoft.

La cancelación de la tercera iteración de la serie no queda descartada por completo, pues antes de terminar su declaración, el productor preguntó nuevamente a los fans si en verdad quieren ver un nuevo título de la saga de los gigantescos mechs.