Hideo Kojima actualmente sólo supervisa Metal Gear Solid: Rising y Castlevania: Lords of Shadow, así que no está tan involucrado en el desarrollo de estos tpitulos (por lo menos no tanto como en los anteriores), pero además está trabajando en Metal Gear Solid 3D: The Naked Sample, que en realidad no es un juego totalmente nuevo.

Eso deja relativamente libre al famoso creador de Metal Gear, y muchos nos preguntamos si estará trabajando en Zone of the Enders 3. Al parecer la respuesta es no, ya que según Andriasang, Kojima declaró que ZOE3 está en espera, ya que antes se ocupa en otro proyecto.

Anteriormente este creador había comentado que tenía un proyecto que podría meterlo en problemas y que no podía dejar de pensar en él, así que seguramente este sea el obstáculo que impide el desarrollo de Zone of the Enders 3, y después de una larga espera, pensamos que un poco más no nos hará daño.